Wine permite que funcionen en GNU/Linux los programas escritos para DOS, Windows 3.x, Windows 98 o Windows NT, sin embargo las aplicaciones diseñadas específicamente para Windows Me o WIndows 2000 pueden ocasionar problemas de ejecución.
Si tenemos una aplicación de estas características y queremos hacerla funcionar bajo guadaLINEX-edu, invocaremos a Wine y éste nos proporcionará una ventana donde emulará el comportamiento de Windows y ejecutará la aplicación.