A pesar de que en Linux todo son ficheros, incluso los dispositivos y los directorios, se comporta en este sentido, prácticamente igual que el resto de sistemas operativos. Es decir, los directorios son carpetas que se usan para almacenar archivos y otros subdirectorios, configurando así una estructura jerarquizada que permite la clasificación ordenada de los datos almacenados en el disco.
Esta estructura de árbol se inicia en un directorio raíz "/" del que forman parte el resto de subdirectorios organizado según unos patrones comunes que facilitan, entre otras cosas, la posibilidad que las aplicaciones funcionen en todos los sistemas Linux, por eso, cuando exploramos el sistema de ficheros observaremos, al menos, los siguientes directorios:
Contiene los comandos básicos del sistema operativo.
Aquí suelen estar los comandos utilizados para la configuración del sistema.
Contiene los ficheros de dispositivo.
Este directorio contiene los ficheros de arranque.
Todos los archivos donde se almacena la configuración.
Directorio de trabajo del superusuario
Librerías usadas por las aplicaciones
Aquí se montan los dispositivos de almacenamiento extraíbles, como la disquetera o el CD-Rom, y las particiones de disco que podamos tener.
Contiene los subdirectorios de trabajo de los usuarios del sistema.
Este es el directorio donde suelen instalarse las aplicaciones
Este directorio lo usan algunas aplicaciones para escribir ficheros temporales necesarios para su ejecución.
Esta jerarquía de directorios junto a la política de usuarios y permisos hacen que Linux se proteja y resulte muy difícil la corrupción del sistema.